Anakin Skywalker (Hayden Christensen) i Padme Amidala (Natalie Portman) są już dorośli. W czasie pobytu na Tatooine rodzinnej planecie Anakina rozkwita między nimi uczucie. Rycerzom Jedi nie wolno jednak angażować się w miłosne związki. Zakochani muszą skrywać przed światem swoje uczucia. Tymczasem Republika nieuchronnie pogrąża się w chaosie. Na czele ruchu separatystów, skupiającego tysiące układów planetarnych, staje hrabia Dooku (Christopher Lee), rycerz Jedi, który przeszedł na stronę ciemności. Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) odkrywa, że na tajemniczej planecie Kamino tworzona jest wielomilionowa armia klonów.